과거에는 주로 수술로 치료했으나 최근에는 비수술적인 방법으로 고주파 치료술을 하여 혹을 제거할 수 있습니다. 고주파 치료술을 초음파를 통해 결절 위치를 파악한 뒤 갑상선 전용 유도바늘을 삽입해 고주파 열로 결절을 태워 없애는 방법인데, 2cm 이하의 혹은 한 번에 치료가 가능하나 이보다 크면 두 세 번의 시술이 필요합니다.
고주파 치료는 시술시간이 30분 정도로 짧고 국소 마취만 하므로 일상생활로 복귀가 빠릅니다. 또 전용 유도바늘이 가늘어 흉터가 적고 갑상선 기능에도 이상이 없습니다. 갑상선 양성결절에 대해 약물치료는 그다지 효과가 없는 것으로 알려져 있습니다. 그 외, 갑상선 양성결절에 에탄올을 주입하여 괴사시키는 방법도 종종 사용되고 있습니다.

현재까지 고주파 치료술은 갑상선 양성결절에만 적용되고 있습니다.
갑상선 암으로 판명 났을 때에는 수술로 갑상선의 일부 또는 전부를 제거하는 것이 원칙입니다. 최근 갑상선 암의 크기가 5mm 이하면 수술할 필요가 없다는 이야기도 있는데요, 크기만 가지고 수술의 불필요성을 주장하는 것은 위험합니다.
암의 크기가 5mm 이하여도 갑상선 주변의 림프절에 전이가 있는 경우가 흔하므로 갑상선 전문의와 상의해 수술 여부를 결정해야 하겠습니다.

모든 암 치료가 그렇듯, 치료가 끝나고 완치가 되었다 해도 재발이나 다른 장기로 암이 전이 될 확률은 항상 존재합니다. 그렇기 때문에 평생 추적 관찰이 필요합니다.
갑상선 정기검진은 초음파 및 피검사로 6/12개월 간격으로 검사하는 게 제일 좋고, 또 조기 발견이 용이하기 때문에 이 후 치료도 좋은 성적을 거둘 수 있습니다.